در ژوئن ۲۰۰۴، او به تیم ملی زیر ۲۰ ساله‌های آرژانتین برای دیداری دوستانه مقابل پاراگوئه دعوت شد.[۵۸] او در سال ۲۰۰۵ یکی از اعضای تیم ملی جوانان آرژانتین در جام جهانی جوانان بود که در هلند قهرمان آن مسابقات شده‌بودند. او در آن مسابقات بهترین بازیکن و هم‌چنین بهترین گلزن آن مسابقات شد.[۵۹] مسی اولین بازی خودش را در رده بزرگسالان مقابل مجارستان زمانی که ۱۸ سال داشت در ۱۷ اوت ۲۰۰۵ انجام داد. او در دقیقه ۶۳ به زمین بازی آمد ولی داور بازی، مارکوس مرک او را در دقیقه ۶۵ به‌خاطر ضربه زدن به مدافع مجارستان، ویلموش وانکزاک از زمین بازی اخراج کرد. هر چند مدافع مجارستان پیراهن مسی را می‌کشید. این تصمیم بحث برانگیز بو دو مارادونا نیز ادعا کرد که این تصمیم داور از پیش برنامه‌ریزی شده بود.[۶۰][۶۱] مسی دوباره در روز ۳ سپتامبر در بازی با پاراگوئه در مقدماتی جام جهانی آلمان در ترکیب تیم قرار گرفت و در نهایت بازی با نتیجه ۱-۰ به سود آرژانتین به پایان رسید. او پیش از این بازی گفته بود: مدت حضورم در بازی اول بسیار کوتاه بود، این بازی برای من بازی اول محسوب می‌شود.[۶۲] او دومین بازی خود را برای آرژانتین در برابر پرو انجام داد. پس از این بازی، پکرمن، سرمربی وقت آرژانتین، مسی را «جواهر» نامید.[۶۳]