ر فصل ۲۰۰۶-۲۰۰۷، مسی با زدن ۱۴ گل در ۲۶ بازی جایگاه خود را به عنوان یک بازیکن کلیدی تثبیت کرد.[۳۸] در ۱۲ نوامبر، مسی در بازی مقابل ساراگوسا از ناحیه استخوان پا دچار مصدومیت شد که منجر به دوری ۳ ماهه او از حضور در زمین‌های فوتبال شد.[۳۹][۴۰] پس از پایان مصدومیت، مسی در روز ۱۱ فوریه در مقابل ریسینگ سانتاندر در نیمهٔ دوم بازی به عنوان یار تعویضی به زمین آمد. در ۱۱ مارس، مسی با آمادگی کامل در ال‌کلاسیکو ظاهر شد و موفق به هت‌تریک شد تا نتیجهٔ تساوی ۳-۳ را برای بارسای ۱۰ نفره به ارمغان بیاورد.[۴۱] با هت‌ریک در این بازی، او بعد از ایوان زامورانو–که برای رئال مادرید در فصل ۱۹۹۴-۱۹۹۵ موفق به هت‌تریک شده بود– اولین بازیکنی شد که توانست در ال‌کلاسیکو موفق به انجام این کار شود. او تا انتهای فصل گل‌های بیشتری زد. ۱۱ گل از ۱۴ گلی که او در طی فصل به ثمر رسانده‌بود در ۱۳ بازی آخر به ثمر رسید.[۴۲] مسی در این فصل توانست یاد بعضی گل‌های ویژه مارادونا را زنده کند.[۴۳]در ۱۸ آوریل ۲۰۰۷، او توانست در بازی مرحله نیمه نهایی کوپا دل ری مقابل ختافه دو گل بزند، که یکی از آن‌ها شباهت بسیاری به گل معروف دیه‌گو مارادونا در بازی مقابل انگلیس در چارچوب جام جهانی ۱۹۸۶ –گلی که با عنوان گل برتر قرن شناخته می‌شود– داشت.[۴۴]خبرگزاری‌های ورزشی به بررسی شباهت بین گل او و گل مارادونا پرداختند و از آن سو رسانه‌های اسپانیایی به او لقب «مسی‌دونا» دادند.[۴۵]او تقریباً به اندازه مارادونا یعنی ۶۲ متر (۲۰۳ فوت) در بازی دوید، تعداد یکسانی بازیکن را از پیش روی برداشت (شش بازیکن با احتساب دروازه‌بان)، از یک منطقه مشابه گل را به ثمر رساند و هم‌چنین از پرچم کرنر آغاز به دویدن کرد. این همانند کاری است که ۲۱ سال پیش مارادونا در مکزیک انجام داد.[۴۳]در کنفرانس خبری بازی، دکو هم‌تیمی مسی گفت: این بهترین گلی بود که در طول زندگی‌ام دیده‌ام.[۴۳]در بازی با اسپانیول نیز مسی گلی زد که شباهت قابل ملاحظه‌ای با گل دست خدای مارادونا در مقابل انگلیس داشت. مسی خود را به توپ رساند و به وسیلهٔ دستش توپ را به پشت سر کارلوس کامنی، دروازه‌بان حریف، هدایت کرد.[۴۶]این گل او باعث اعتراض بازیکنان اسپانیول شد و نمایش دوباره این حرکت، نشان‌دهنده خطای هند لیونل مسی بود.[۴۶]